実際、WordPress 2.5の頃からMUとの互換性も高くなってはいるものの、MUでは動かないプラグインがあるのも事実。
そういうところは、がんばって動くようにしたらいいと思いますが、通常のWordPressでも複数BLOGを運用できる方法が紹介されてます。

Wordpressによる複数blog運用。（10行追加し、シンボリックリンクを張る） 

WordPressでブログをふたつ作るときは、WordPressをふたつアップロードする必要があったのですが、これならひとつでOK。
感覚としては、2つアップロードする手間を省くだけのもので、ブログ間のユーザー共有などはできません。
でも、複数設置に比べると、アップグレードや、プラグイン、テーマの管理がかなり楽になります。超便利。

あとは、管理画面のダッシュメニューのところに各ブログの管理ページへのリンクをつけたりすれば、MUっぽくなります。

ただ、シンボリックリンクを作れないといけません。

CORESERVERの場合は、コントロールパネルから「ホスト情報登録」→「SSH登録」を押して、SSHを使えるようにし、Poderosaなどのソフトでln -s　コマンドでシンボリックリンクを作成できます。詳しくは書きませんが、そんな感じです。Poderosaなど使うときは操作に注意ね！