カテゴリの追加の時に、ちゃんと反映されない。
一応新規追加されてるけど、変な文字列が出る、といった症状。

結論から言えば、.htaccessで「PHPをCGIとして動かしている」と、こうなります。
とくに怪しいのが、admin-ajax.phpですね。

FlexibleUploadが動かなかったのも、ひょってしてこのあたりが関係あったかもしれないです。