本来、index.phpへのリンクが、admin.php?page=index.phpになってしまっています。

mu-plugins（pluginsも？）にindex.phpがあるのが原因で、mu-plugins内のindex.phpを削除すればOKさ！

WordPressMU 2.7 でカテゴリスラッグが設定できないのを、こちらを参考にしてできるようになったのですが、MU2.7.1にアップデートしたらダメになりました。
http://phpress.enjoy-life-style.com/archives/52

一応、保存されるが、一見反映されてない。
DB（データベース）には保存されているようです。

いろいろ調べると、カテゴリ名からスラッグを表示する処理のところが変だ。
スラッグがあろうとなかろうと変換してくれるようになってたので、スラッグがあるときはタイトル（カテゴリ名）から変換しないようにしてあげよう。

wp-admin/includes/mu.php
line:480

function sync_category_tag_slugs( $term, $taxonomy ) {
 if( $taxonomy == 'category' || $taxonomy == 'post_tag' ) {
  if( is_object( $term ) ) {
   if($term->slug){
    $term->slug = sanitize_title( $term->slug );
   }else{
    $term->slug = sanitize_title( $term->name );
   }
  } else {
   if($term[ 'slug' ]){
    $term[ 'slug' ] = sanitize_title( $term[ 'slug' ] );
   }else{
    $term[ 'slug' ] = sanitize_title( $term[ 'name' ] );
   }
  }
 }
 return $term;
}
}

そうそう、自動アップグレードしたときは、該当ファイルをダウンロードしてから修正しないといけないです。

http://wordpress.org/extend/plugins/syntaxhighlighter/
こちらからダウンロードできます。

しかし、MUではそのままでは動きません。

というのも、プラグインの中に、filesフォルダがあって、その名前が不具合を起こすのです。
だから、files→fileなどに変更し、syntaxhighlighter.phpの70行目あたりを

 $this->pluginurl = apply_filters( 'agsyntaxhighlighter_url', get_bloginfo( 'wpurl' ) . '/wp-content/plugins/syntaxhighlighter/file/' );

にすればOKよ。

MUは、.htaccessでfilesをrewriteするようになってるので、filesフォルダがある場合は注意です。

当方環境はMU1.5です。

OS：WinXP
SERVER:Coreserver
ブラウザ：IE 6

アップロードフォームの画面が変わらない。
インラインフレームの中だけ最新の情報に更新すると、Flexible Uploadのフォームに変わるけど、画像アップはうまく行かない。
さくらでは問題なく動く。
FireFoxでは問題なく動く。
同じURL、クエリでも、単独ページならちゃんと動く。

いろいろ調べたけど、どうもインラインフレーム内のJavaScriptがうまく適用されていないようだ。
サーバーとブラウザの相性なのかな。ということはXreaでも同じ症状が起きるかもしれない。

ソースやphpの設定で解決できるのかもしれないけど、具体的な解決方法はよくわからなかったので、恐る恐るIE7にしてみたら動いた。いずれIE7になっていくんだからこれでいいか。
FireFoxにするのも手だけど、ユーザーにすすめるとFireFoxのサポートまでしないといかんくなると面倒なので・・・。

すると、改造したAdmin Dropdown Menuの表示が崩れまくったので、修正。

他のサムネイル用プラグインも試したけど、結局これが一番便利ですわ。
あ、MUでも動きます。

文字化けしたエラーで、「0 は保護されているWP設定なので変更できません。」表示されます。
（英語だと「0 is a protected WP option and may not be modified」）。

テーマを有効化したいのに・・・！

解決策？

今回の原因を突き詰めると、ブログオプションのテーブル（wp_2_optionsなど）に、無名のレコードができていたからです。
UTWが怪しいのですが、もうひとつ「0」というのもできていて、原因は未解明です。

その2つを削除したら、動くようにはなったのですが、phpMyAdminでUTWのレコードに？ハテナがついてしまい、不安な感じですよ。

とりあえず、これで様子を見ることにします。